一是存在的问题。现行两个制度只适用于公立医疗机构，在制度设计上将民办医院等非公立医疗机构排除在外。从实际情况看，现在非公立医疗机构占相当大的比重，非公立医院机构由于涉及税务事项，执行的是《企业会计制度》。两种制度在会计处理方式上存在的差异，必然导致两类医院披露的经营状况和财务成果等会计信息不可比。按现行两个制度的要求，医院应进行成本核算，并将成本分为医疗成本和药品成本。然而，现实情况却是医院存在着大量与主营业务联系不紧密、不能归集到医疗服务和药品销售成本中去的支出，如医院承担突发公共卫生事件、政府指令性任务、医疗救助等发生的费用，医疗费用的政策性减免、医疗纠纷赔偿等行业风险支出，与医疗保险机构等第三方搏弈造成的非控制性结算风险支出等。一般情况下，各医院都将这些支出作为成本予以反映，从而造成成本不实，结余失真，也不利于医院之间的对比分析。资产核算不实，虚增净资产。医院资产采用历史成本计价核算，不考虑减值、跌价。损失，对固定资产不计提折旧，因而不能反映医院资产的现实价值，也虚增了医院净资产，导致医院会计报表反映的财务状况不真实。
二是改革的必要性。医药卫生体制改革的新要求。长期以来，“看病难、看病贵”问题突出，造成这一问题的原因除客观因素外，公立医院公益性质淡化、过分追求经济利益是重要原因。而公益性质淡化又与公立医院财务管理中过多注重对经济收入的考核有一定关系，这就要求审时度势，改革不适应当前形势的财务会计管理体制和管理方式。医院经济行为的新要求。医院收支规模不断扩大，投资主体多元化、经济行为的多样化，对财务会计工作提出了新的要求。一方面，医院的规模越来越大，如何加强对收入、支出的管理是财务会计工作面临的一个十分重要的课题。另一方面，外资和民营资本进入医疗服务领域越来越多，医院投资主体呈现多元化;同时，医院经济行为日益多样化，医院财务会计必须与之适应。会计改革的时代要求。我国会计技术规范与国际逐步趋同，对医院财务会计工作提出了新的挑战。医院如何紧跟会计改革的时代步伐，是一个十分现实而紧迫的任务。
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